원래 데이터도 올려주세요.

MySQL 버전이 어떻게 되나요?

-- 1. (비표준) 그룹바이 특성 이용. (첫번째 값이 출력 됨)
SELECT site
     , uid
     , COALESCE(ROUND(MAX(fval) - MIN(fval), 5), 0) fused
     , MIN(mnfval) mnfval
     , rtime
  FROM (SELECT site
             , uid
             , mnfval
             , fval
             , rtime
          FROM sf_flow_data
         WHERE rdate =  '20190315'
         ORDER BY site, uid, mnfval DESC
        ) a
 GROUP BY site, uid
;
-- 2. 셀프 조인 이용
SELECT a.site
     , a.uid
     , a.fused
     , a.mnfval
     , b.rtime
  FROM (SELECT site
             , uid
             , COALESCE(ROUND(MAX(fval) - MIN(fval), 5), 0) fused
             , MAX(mnfval) mnfval
          FROM sf_flow_data
         WHERE rdate =  '20190315'
         GROUP BY site, uid
        ) a
 INNER JOIN sf_flow_data b
    ON a.rdate  = b.rdate
   AND a.sid    = b.sid
   AND a.uid    = b.uid
   AND a.mnfval = b.mnfval
;
-- 3. 분석함수 이용. MySQL 8.0 이상 가능
SELECT site
     , uid
     , COALESCE(ROUND(MAX(fval) - MIN(fval), 5), 0) fused
     , MIN(mnfval) mnfval
     , MIN(CASE WHEN rn = 1 THEN rtime END) rtime
  FROM (SELECT site
             , uid
             , mnfval
             , fval
             , rtime
             , ROW_NUMBER() OVER(PARTITION BY site, uid ORDER BY mnfval DESC) rn
          FROM sf_flow_data
         WHERE rdate =  '20190315'
        ) a
 GROUP BY site, uid
;

아. 테스트 없이 쿼리만 작성한거라 오류가 잇었네요.
저는 MAX 인줄 알고 반대로 생각햇네요. MIN 이었군요.
DESC 부분 조정하고 없는 컬럼, 오타 컬럼 수정하면 되겠네요.
 

-- 1. (비표준) 그룹바이 특성 이용. (첫번째 값이 출력 됨)
SELECT site
     , uid
     , COALESCE(ROUND(MAX(fval) - MIN(fval), 5), 0) fused
     , MIN(mnfval) mnfval
     , rtime
  FROM (SELECT site
             , uid
             , mnfval
             , fval
             , rtime
          FROM sf_flow_data
         WHERE rdate =  '20190315'
         ORDER BY site, uid, mnfval
        ) a
 GROUP BY site, uid
;
-- 2. 셀프 조인 이용
SELECT a.site
     , a.uid
     , a.fused
     , a.mnfval
     , b.rtime
  FROM (SELECT rdate
             , site
             , uid
             , COALESCE(ROUND(MAX(fval) - MIN(fval), 5), 0) fused
             , MIN(mnfval) mnfval
          FROM sf_flow_data
         WHERE rdate =  '20190315'
         GROUP BY rdate, site, uid
        ) a
 INNER JOIN sf_flow_data b
    ON a.rdate  = b.rdate
   AND a.site   = b.site
   AND a.uid    = b.uid
   AND a.mnfval = b.mnfval
;
-- 3. 분석함수 이용. MySQL 8.0 이상 가능
SELECT site
     , uid
     , COALESCE(ROUND(MAX(fval) - MIN(fval), 5), 0) fused
     , MIN(mnfval) mnfval
     , MIN(CASE WHEN rn = 1 THEN rtime END) rtime
  FROM (SELECT site
             , uid
             , mnfval
             , fval
             , rtime
             , ROW_NUMBER() OVER(PARTITION BY site, uid ORDER BY mnfval) rn
          FROM sf_flow_data
         WHERE rdate =  '20190315'
        ) a
 GROUP BY site, uid
;

* 2번쨰 쿼리를 사용했을경우 21만건의 전체데이터가 전부 노출됩니다

[site]                 [uid]                        [fused]            [mnfval]       [rtime]

뭔말인지 이해가 안가네요?
1. mnfval 의 최소값을 다시 min 으로 구해야하고? min 이 최소 아닌가요?
2. 그에 해당하는 rtime을 찾을수 없는 문제가? 왜 못찾는다고 생각하는지?
3. 전체데이터 검색과 같은결과값이 나옵니다? 그럴리가요?
제가 MIN(mnfval) 은 중복되지 않는다고 가정하고 문제를 푼 것은 맞지만.
전체 데이터가 그대로 나온다는 건 이상한데요?
잘 못 적용하신게 아닐 런지요?

1번쨰 쿼리를 사용했을경우  원하는 1400여건의 데이터가 나오긴하지만  최소 mnfval 값에 해당하는 rtime 값이아닌 첫번째 값이 노출되어 최종데이터가 다르게 나타납니다

[site]                   [uid]                      [fused]          [mnfval]    [rtime]         

1번 쿼리 결과 오류 원인 - 인라인뷰 안의 ORDER BY 가 무시되는 것 같네요.
2번 쿼리 결과 오류 원인 - MIN(mnfval) = 0인 중복자료가 많은 듯 하네요.
한번 더 그룹바이 하세요.
 

SELECT a.site
     , a.uid
     , a.fused
     , a.mnfval
     , MIN(b.rtime) rtime
  FROM (SELECT rdate
             , site
             , uid
             , COALESCE(ROUND(MAX(fval) - MIN(fval), 5), 0) fused
             , MIN(mnfval) mnfval
          FROM sf_flow_data
         WHERE rdate =  '20190315'
         GROUP BY rdate, site, uid
        ) a
 INNER JOIN sf_flow_data b
    ON a.rdate  = b.rdate
   AND a.site   = b.site
   AND a.uid    = b.uid
   AND a.mnfval = b.mnfval
 GROUP BY a.site, a.uid, a.fused, a.mnfval
;