평균을 구하고자 하는 것 맞나요?
혹시 평균이 아니라 비율 말하는거 아닌가요?

롤업은 맞게 쓴건가요?
위에 제시한 결과보다 중간 소계(a, 기탁, 소계)가 더 나올 듯 한데요?

SELECT c.up_org_cd
     , (SELECT cm_cd_nm
          FROM cm_cd_info x
         WHERE 1=1
           AND x.cm_cd = c.up_org_cd
           AND cm_cls_cd = 'P0029'
        ) AS up_org_nm
     , NVL(c.org_nm    , '합계') org_nm
     , NVL(c.aff_org_nm, '소계') aff_org_nm
     , SUM(a.cnt) AS cnt
     , ROUND(RATIO_TO_REPORT(SUM(a.cnt)) OVER(PARTITION BY GROUPING_ID(c.org_nm, c.aff_org_nm)) * 100, 1) rat
  FROM (SELECT resorce_dist_no
             , COUNT(*) AS cnt
          FROM pt_log_info
         WHERE 1=1
           AND resorce_dist_no IS NOT NULL
         GROUP BY resorce_dist_no
        ) a
     , rs_bio_resorce_cm_info b
     , cm_org_info c
 WHERE 1=1
   AND a.resorce_dist_no = b.resorce_dist_no
   AND b.aff_org_cd = c.aff_org_cd
   AND c.up_org_cd = 'A'
 GROUP BY ROLLUP ((c.up_org_cd, c.org_nm), c.aff_org_nm)
 ORDER BY c.up_org_cd, c.org_nm, c.aff_org_nm
;

SELECT c.up_org_cd
     , x.cm_cd_nm AS up_org_nm
     , NVL(c.org_nm    , '합계') org_nm
     , DECODE(GROUPING_ID(c.org_nm, c.aff_org_nm), 1, '소계', c.aff_org_nm) aff_org_nm
     , COUNT(*) AS cnt
     , ROUND(RATIO_TO_REPORT(COUNT(*)) OVER(PARTITION BY GROUPING_ID(c.org_nm, c.aff_org_nm)) * 100, 1) rat
  FROM pt_log_info a
     , rs_bio_resorce_cm_info b
     , cm_org_info c
     , cm_cd_info x
 WHERE 1=1
   AND a.resorce_dist_no IS NOT NULL
   AND a.resorce_dist_no = b.resorce_dist_no
   AND b.aff_org_cd = c.aff_org_cd
   AND c.up_org_cd = 'A'
   AND x.cm_cd = c.up_org_cd
   AND x.cm_cls_cd = 'P0029'
 GROUP BY c.up_org_cd, x.cm_cd_nm, ROLLUP (c.org_nm, c.aff_org_nm)
 ORDER BY c.org_nm, c.aff_org_nm
;

비율의 합이 아니라
각각의 기준으로 비율을 구한 것입니다.
소계는 소계끼리의 비율.

그룹바이를 2 단계로 나누어 하세요.
 - 1 단계 : 집계 및 비율 구하고
 - 2 단계 : 롤업 합산 처리
 

SELECT up_org_cd
     , up_org_nm
     , NVL(org_nm, '합계') org_nm
     , DECODE(GROUPING_ID(org_nm, aff_org_nm), 1, '소계', aff_org_nm) aff_org_nm
     , SUM(cnt) cnt
     , DECODE(GROUPING_ID(org_nm, aff_org_nm), 3, 100, SUM(rat)) rat
  FROM (SELECT c.up_org_cd
             , x.cm_cd_nm AS up_org_nm
             , c.org_nm
             , c.aff_org_nm
             , COUNT(*) AS cnt
             , ROUND(RATIO_TO_REPORT(COUNT(*)) OVER() * 100, 1) rat
          FROM pt_log_info a
             , rs_bio_resorce_cm_info b
             , cm_org_info c
             , cm_cd_info x
         WHERE 1=1
           AND a.resorce_dist_no IS NOT NULL
           AND a.resorce_dist_no = b.resorce_dist_no
           AND b.aff_org_cd = c.aff_org_cd
           AND c.up_org_cd = 'A'
           AND x.cm_cd = c.up_org_cd
           AND x.cm_cls_cd = 'P0029'
         GROUP BY c.up_org_cd, x.cm_cd_nm, c.org_nm, c.aff_org_nm
        ) a
 GROUP BY up_org_cd, up_org_nm, ROLLUP(org_nm, aff_org_nm)
 ORDER BY a.org_nm, a.aff_org_nm
;

추가 질문을 쿼리 일부만 올리셨네요?
  - 1단계에 추가한 건지? 2단계에 추가한건지?
  - c. 을 사용한 걸 보면 1단계인 듯 한데...
1단계에서 사용한다면?
  - 단순 COUNT(*) OVER() ct 하면 되구요.
  - 대신 2단계 그룹바이 기준에 ct 를 추가해야 함.
2단계에서 사용한다면?
  - aff_org_nm 의 수를 세면 됩니다.
  - COUNT(aff_org_nm) OVER() ct