step1 의 결과(남은 X)를 보여주셨네요.
step2 의 결과(?)는 어디 있나요?
"Y1테이블과 통합"하는 대상이 뭔가요?
그래서 최종 결과가 어떻게 나와야 하나요?
또 최종 결과가 어떤 형태로 나와야 하나요?
남아있는 X 가 최종 결과인가요?
아니면? Y1 ? 아니면???

질문 수정했습니다.
Y1은 새로이 생성되는 Y2와 통합하고요
통합테이블은 Z로 최종 테이블입니다.

왜? rank2 인 A5 가 y2 가 아닌 x 에 남아 있죠?
단순 cd2 로 중복 제거하고 가장 rank 가 작은 걸 가져오면 되겟는데요?

WITH t AS
(
SELECT 'A1' cd1, 'A2' cd2, 1 rank FROM dual
UNION ALL SELECT 'A1', 'A3', 1 FROM dual
UNION ALL SELECT 'A2', 'A1', 2 FROM dual
UNION ALL SELECT 'A2', 'A4', 2 FROM dual
UNION ALL SELECT 'A2', 'A5', 2 FROM dual
UNION ALL SELECT 'A3', 'A1', 3 FROM dual
UNION ALL SELECT 'A3', 'A5', 3 FROM dual
UNION ALL SELECT 'A4', 'A2', 3 FROM dual
UNION ALL SELECT 'A5', 'A3', 4 FROM dual
UNION ALL SELECT 'A5', 'A4', 4 FROM dual
UNION ALL SELECT 'A5', 'A5', 4 FROM dual
UNION ALL SELECT 'A5', 'A3', 4 FROM dual
)
SELECT *
  FROM (SELECT cd1, cd2, rank
             , ROW_NUMBER() OVER(PARTITION BY cd2 ORDER BY rank, cd1) rn
          FROM t
        )
 WHERE rn = 1
 ORDER BY rank, cd2
;

급한 나머지 step2 결과가 잘못 되어 있네요.
월요일에 제대로 올리겠습니다.
감사합니다.

Step2 수정했습니다.
가장 중요한 것은 Step1, Step2, Step3 ------ Step10000
이렇게 구현하는 것입니다.
제가 PL/SQL을 놓은지 오래돼서 PL로 하기엔 좀 어렵네요.
통계패키지 SAS이면 쉽게 구현하는데 SAS가 없네요. ㅜㅜ
한번더 검토 부탁드립니다.
감사합니다.

제 답변도 한번 더 검토 바랍니다.
굳이 반복처리가 필요 없을 듯 합니다. SQL 만으로 가능.
cd2 중복값중에 rank 가 가장 작은 값 하나만 남기고 나머지 제거하면 될 듯 하네요.

제가 실제 데이터로 수행해 보니 마농님 답변이 맞네요.
대단히 감사합니다.
제가 3년 쉬다가 다시 SQL을 접하니 감이 사라졌나 보네요.