순수 DB는 아니고 JAVA쪽입니다.
다음은 네이버에서 찾은 구문 수정한것입니다.

MERGE INTO 학생 TT
USING 과목 ST
ON 조건(TT.학번 = SELECT 학번 FROM 과목 WHERE column = 바인드 변수)
WHEN MATCHED THEN
 UPDATE SET
     column1=값1 
     column2=값2 
     column3=값3
 
WHEN NOT MATCHED THEN
  INSERT (column1, column2, column3)
 VALUES (값1,값2,값3)

좌측 체크박스(전체) > 우측 체크박스(선택)

INSERT 당시 2개 체크하였다면
UPDATE 시에는 기존 2개 삭제하고, 4개 체크 (스크립트에서 처리)

루프 돌면서 SQL 처리한다고 하면

학생T에 학번이 있고, 과목T에 학번이 있다고 하면
기존에 있던 학번은 UPDATE 처리되고,

나머지 2개는 INSERT 되는건가요?